Лично я прошивал телефон так. Мне помогло, а самое главное - я могу в любой момент без танцев с бубном закинуть любую версию прошивки и перепрошить. 
Исходные данные:
ОС - Windows 10 (отключена проверка цифровой подписи драйверов, как это сделать смотреть тут )
Телефон - Xiaomi Mi 5C (Загрузчик разблокирован. Как разблокировать загрузчик смотреть тут ) 

1. Установка драйверов ADB/FASTBOOT (понадобится регистрация) - тыц
2. Запускаем командную строку от имени администратора, переходим в каталог C:\adb
3. Запускаем смартфон в режиме FASTBOOT. Для этого выключаем аппарат и включаем его зажав "Громкость минус"+"Включить". На экране загорится логотип в виде зайца в ушанке, с надписью FASTBOOT, подключаем телефон к ПК.
4. В консоли набираем команду "fastboot devices" (без кавычек) и жмем на "Enter", если все верно то получим ID устройства и напротив fastboot - комп сопряжен с смартом.
5. Качаем TWRP (eng) - тыц 
6. Закидываем файл Recovery в формате twrp.img в папку C:\adb
7. Вводим команду на прошивку рекавери - "fastboot flash recovery ИМЯ_РЕКАВЕРИ.img" (Примечание: вместо ИМЯ_РЕКАВЕРИ нужно написать имя вашего recovery, которое вы скопировали в С:\adb. Исходя из примера в пункте 6 получается: fastboot flash recovery TWRP.img)
Далее нажимаем на "Enter" и через несколько секунд видим сообщение о успешном окончании процесса.
8. Чтобы попасть в новый рекавери вводим команду fastboot boot ИМЯ_РЕКАВЕРИ.img

9. Входим в рекавери (телефон должен быть видим с компа, как медиаустройство и должен быть виден каталог файлов!). Выполняем Format Data.
10. Закидываем прошивку на телефон с компа в корень (собственно после форматирования там только корень и останется).
11. Переходим в раздел Install и ищем папку "sdcard", там то и будет наша прошивка.
12. Перед прошивкой отключаем телефон от компа (либо у меня были проблемы с прошивкой, либо действительно устройство было занято подключением к ПК, трудно сказать можете попробовать шить с подключенным к ПК смартом, поделитесь результатом). Тыц в прошивку и выполняется процесс прошивки. 
13. Делаем вайпы (сам вайпы не делал и вроде живой, но все советуют, потому не перенимайте у меня плохое  ) 

Собственно все так, как я делал. Не было проблем не с зашифрованными разделами или чем-то подобным. Просто попадались битые прошивки.
Первая загрузка, после прошивки долгая, может показаться, что ничего не получилось (у меня лично так и было  )